Hijo de los músicos Balthazar Freithoff y Johanne Catharine Snemann. A la edad de veinte años, Freithoff, que ya había entrenado sus habilidades musicales desde niño, emprendió un largo viaje. Estudió violín y composición en Italia durante la década de 1730, posiblemente con Giovanni Battista Sammartini. Es cierto que en 1737 estuvo al servicio del Gran Duque de Toscana, Gian Gastone de' Medici.

Edición discográfica de obras de Johann Henrik

Aunque aparentemente cultivó la música en gran medida, no tenía el carácter de un verdadero viaje de estudios musicales, y cuando regresó a su ciudad natal en 1742 después de visitar incluso Esmirna y Constantinopla en octubre de 1742, no buscó un puesto como músico, pero trató de vincularse a la administración civil. No tuvo éxito en primer lugar, y en 1744 es como violinista que se hace un nombre después de postularse para Copenhague. Ese año fue nombrado violinista de la corte de Christian VI. Asi que. estaba adjunto como un extraordinario violín de la corte a la capilla de la corte, sin obligación de un servicio orquestal real, pero con la tarea de adornar la música de la corte con su deslumbrante interpretación del violín según declaraciones contemporáneas.

En 1745, se cumplió su deseo de un puesto en la administración central y se convirtió en secretario de la cancillería danesa, al mismo tiempo que conservaba su puesto como violinista de la corte, que con el tiempo le reportaría un salario de director de orquesta. La vida de Freithoff no parece haber estado llena de acontecimientos en el exterior, pero el hombre dotado musicalmente y lingüístico ganó un gran campo de actividad. Tradujo libros en inglés y también es conocido como un compositor relativamente prolífico.

En 1746 también consiguió un trabajo bien remunerado como secretario de la Cancillería danesa. Compuso la música de varias de las piezas del escenario reabierto en 1748, y es conocido como compositor instrumental de varias obras de música de cámara. Se conservan sonatas solistas para violín y flauta con elementos fuertemente virtuosos y sonatas en trío mantenidas en un estilo ligero y entretenido. Como personalidad culta y músico de formato virtuoso, gozó de la admiración incondicional de sus contemporáneos. Sobreviven nueve obras de música de cámara, incluidas dos sonatas, una para flauta y otra para violín. Murió de tuberculosis a los 54 años de edad.